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Francisco José Ayala Pereda (Madrid, 12 marzo 1934[1] – California, 4 marzo 2023) è stato un biologo e filosofo spagnolo naturalizzato statunitense.
Abbandonato il saio di frate domenicano nel 1960, lo stesso anno in cui prese i voti, si trasferì negli Stati Uniti dal 1961 per studiare alla Columbia University, sotto la supervisione del biologo e genetista Theodosius Dobzhansky, e ottenendo un dottorato di ricerca nel 1964. Ha ottenuto la cittadinanza americana per naturalizzazione nel 1971.
È docente di scienze biologiche e filosofia all'Università della California sede di Irvine nonché membro della National Academy of Sciences e di molte tra le più rinomate accademie scientifiche internazionali.
È stato consigliere del presidente Bill Clinton per le tematiche scientifiche e tecnologiche. Si è occupato di ricerche di genetica evolutiva, in particolare delle diversità genetiche fra popolazioni, dell'origine della malaria e dell'orologio molecolare dell'evoluzione.
Tra i suoi interessi figurano anche il confronto tra scienza e religione, nonché le questioni epistemologiche, etiche e filosofiche legate alla biologia umana.
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